В состав новой структуры, помимо УНЦ, вошли Ботанический сад-институт, институт геологии, институт истории, языка и литературы, институт математики с вычислительным центром, институт механики имени Мавлютова, институт нефтехимии и катализа, институт социально-экономических исследований, институт этнологических исследований имени Кузеева, НИИ сельского хозяйства и поликлиника УНЦ. Предполагается преобразование академических институтов в филиалы УФИЦ РАН, а также создание на их базе девяти новых междисциплинарных интеграционных структур, взаимодействующих с другими научными и образовательными центрами республики и промышленными предприятиями.
Предполагается, что после реорганизации, реструктуризации и объединения этих научных площадок в Башкирии появится центр для проведения фундаментальных исследований мирового уровня, достижения прорывных результатов, а также координации и проведения междисциплинарных изысканий для решения важнейших проблем социально-экономического и культурного развития республики и России.